Građa specijalnih zbirki Nacionalne i univerzitetske biblioteke Bosne i Hercegovine je raznovrsne, kako po sadržaju, tako i po grafiji i jezicima na kojima su pisane, odnosno štampane. Ona se koristi prvenstveno za naučne i istraživačke radove, kako bosansko-hercegovačkih, tako i stranih naučnih i kulturnih radnika. Osnovni zadatak Odjeljenja specijalnih zbirki jeste da vrijedni materijal čuva, obrađuje i daje na korištenje. Građa Specijalnih zbirki se obrađuju u COBISS-u, tako da je dostupne za pretragu korisnicima u on-line katalogu.

NUBBIH u Specijalnim zbirkama čuva najvrijednije primjerke ove institucije. Stoga ćemo ukratko predstaviti Specijalne zbirke i šta je to što ova Institucija smatra za važnim digitalizirati.

Specijalne zbirke sačinjavaju pet podzbirki:

1. Zbirka stare i rijetke knjige,

2. Rukopisna zbirka i Arhiv,

3. Kartografska zbirka,

4. Grafička zbirka i

5. Muzička zbirka.

Treba napomenuti da je Muzička zbirka uslijed ratnih dejstava '92. potpuno uništena. Također su kartografska i grafička zbirka pretrpjela velike gubitke. Rekonstrukcija svih zbirki je u toku.

Zbirka stare i rijetke knjige

Višestoljetno odsustvo štampe na našim prostorima značajno se odrazilo i na sastav zbirke, gdje preovladavaju rariteti sa drugih prostora, od nastanka štampe, pa sve do kraja 19. stoljeća. Tada se najprije u Sarajevu, a potom u Mostaru ubrzano razvija štamparstvo i praktično nastaju prve bosansko-hercegovačke knjige, periodika, te službene publikacije štampana na ovom tlu. Stoga, sve publikacije ovog doba štampane u Bosni i Hercegovini, za nas imaju obilježje rariteta.

Odjeljenje za staru i rijetku knjigu i rukopise formirano je 1951. godine. Najveću vrijednost zauzimaju prve štampane knjige, incunabule, kojih Biblioteka ima četiri.  Štampane su u Veneciji i Tübingenu. Inkunable predstavljaju visoko cijenjeno kulturno blago za evropsku historiju, i to ne samo onu duhovnu. Jedna od njih je Compendium theologicae veritatis  štampana u Veneciji, 1483, u štampariji Grgura Dalmatinca (Gregorium Dalmatinum). Od tipografskog rada Grgura Dalmatinca (Grgura Senjanina ili Grgura Kraljića), ovo je jedina poznata inkunabula. Poznato je da je Grgur radio u Mlecima, ali se precizno ne zna u kojem periodu. U godinama 1507-1508. njegovo ime se pojavljuje u senjskoj glagoljaškoj štampariji.

Period 17. i 18. stoljeće obilježen je, između ostalog, knjigama bosanskih franjevaca, među kojima naročito ističemo djela Matije Divkovića štampana na bosanskom jeziku (bosančicom). Tu su i brojna djela Ivana Ančića, Stjepana Margetića, Pavla Posilovića, Ivana Bandulovića, Tome Babića, Jerolima Filipovića, Marka Dobretića, i drugih. Primjer jedne takve vrijedne i rijetke publikacije jeste knjiga autora Matije Divkovića Nauk krstijanski, koji je svoju prvu knjigu štampao u Veneciji na bosančici davne 1611. godine.

Za bosansko-hercegovačku štampanu knjigu 19. stoljeće predstavlja doba njenog rađanja. Tako danas, Biblioteka posjeduje publikacije štampane u Sopronovoj pečatnji, Vilajetskoj štampariji u Sarajevu, Tiskari Franje Milićevića u Mostaru, itd. Iz Vilajetske štamparije proizašle su publikacije na svim pismima koja su se tada koristila na ovim prostorima. Publikacije iz ovog perioda veoma su značajne za našu kulturno-historijsku baštinu.

Dvadeseto stoljeće je u zbirci rariteta bilo predstavljeno najrazličitijim bibliofilskim izdanjima, od faksimila najvrijednijih rijetkosti svjetskog značaja, originalnih malotiražnih djela, do mini knjiga i slično.

Rukopisna zbirka i Arhiv

Sve do kraja 19. stoljeća našim krajevima dominirao je rukopis i rukopisna knjiga. Ovu zbirku dijelimo na Rukopisnu i Arhivsku.

Rukopisna zbirka posjeduje oko hiljadu kodeksa pisanih uglavnom na orijentalnim jezicima, arapskom, turskom, perzijskom, te jedan manji broj na latinskom i grčkom te jezicima naših naroda. Znači pored arapskog pisma zastupljena je latinica, starocrkvena ćirilica, bosančica i arebica. Rukopisi na orijentalnim jezicima su iz svih oblasti islamistike (najviše islamskog prava) i orijentalnih jezika (najviše arapskog) i njihove književnosti.

Jedan od najatraktivnijih rukopisa u Zbirci jeste Kur'an koji je prepisao Husein al-Bosnavi 1755/56. Pisan je tipičnim pismom 17. stoljeća i iluminiran je u devet boja. Faksimil ovog rukopisa u izdanju Orijentalnog instituta u Sarajevu štampan je 1977. godine. Izdanje je popraćeno prijevodom Besima Korkuta i umjetničkim detaljima Mersada Berbera.

Treba spomenuti, da i jedan broj rukopisa u ovoj zbirci potiče od naših bosanskih autora i prepisivača. Jedan od njih je i : Miftah al-hajir, arapsko-turski rječnik. Napisao ga je Mustafa b. Muhammad Debbagi zade (Tabaković) 1250/1834. godine. U rječniku se na dva mjesta navodi da je djelo napisano za Muhameda Kopčića. Djelo je moglo nastati u Travniku ili bosanskom Skoplju. (MS 184-2)

U okviru Rukopisne zbirke smještena je Arhivska zbirku koja je sačinjena od nekoliko tematskih cjelina kao što su arhiv Mehmed-bega Kapetanovića Ljubušaka, dr. Jovana Kršića, kulturno-prosvjetnih društava Napredak i Prosvjeta te oko 250 dokumenata pisanih bosanskom ćirilicom (bosančica) Poljičke republike.

Kartografska zbirka

U ovoj Zbirci su sakupljene karte, planovi i atlasi. Dio građe smo dobili na poklon, a kasnije građa pristiže obaveznim primjerkom, a manji dio kupovinom.

U Kartografskoj zbirci posebnu pažnju poklanjamo nacionalnom fondu, tj. kartama na kojima je prikazana Bosna i Hercegovina. Našim korisnicima pružamo na korištenje karte i informacije o kartama i kartografiji, referencama iz oblasti geografije, geologije, historije i dr.

U fondu Kartografske zbirke nalaze se sve vrste karata (od 16. do 21. st), atlasi i turistički vodiči, referensna literatura. Najveći dio fonda čine karte zemalja Jugoistočne i Južne Europe, a od toga najviše je karata Jugoslavije, Bosne i Hercegovine i susjednih zemalja.

Do 17. stoljeća Bosna i Hercegovina prikazivana je u okviru većih regionalnih cjelina (Europe, Jugoistočne Europe, Balkanskog poluotoka i dr.). Zbog toga su za nas važne i karte tih područja.

Među najstarije karte spadaju: Sclavoniae, Croatiae, Istriae, Bosniae finimarumque... Augustina Hirschvogela, izdata u Nurnbergu 1565. godine, na kojoj je Bosna podijeljena na dva dijela Nieder Wossen (donja Bosna) i  Ober Wossen (gornja Bosna).

Na karti nizozemskog kartografa Gerarda Mercatora : Sclavonia, Croatia, Bosnia cum Dalmatia parte, izdata je u 1590. godine u Amsterdamu, u cilindričnoj (Merkatorovoj) projekciji, prikazana je cijela Bosna i Hercegovina sa oko stotinu naselja. Na njoj je prikaz rijeka mnogo bolji nego na ranijim  kartama.

Među starim kartama brojne su i karte Europske Turske različitih autora i godina izdanja. Izdvojićemo Etnographische Uebersichts Karte des Europeischen Orients, H. Kieperta, izdata u Berlinu 1876. godine. U to vrijeme predstavljala je najbolju etnološku kartu Europske Turske.

Austrijski kartograf Johann Roskiewicz boravio je u Bosni u drugoj polovini 19. stoljeća, skicirao i nakon toga izradio: Karte von Bosnien, der Hercegovina und des Paschaliks von Novi Bazar, izdatu u Beču 1865. godine. Na njoj su najbolje prikazani putevi i naselja uz njih. Reljef je prikazan lošije, ali je ipak smatraju jednom od najboljih karata u srednjem mjerilu u predgeodetskom periodu, a posebno što je na njoj Bosna i Hercegovina prikazana kao posebna država. Radi toga je bila jedna od najvažnijih strateških karata prilikom okupacije Bosne i Hercegovine 1878. godine.

Od atlasa iz 19. i početka 20. stoljeća sačuvano je samo nekolicina, a među njima su: Andrees Allgemeiner Handatlas, Richard Andrees, Leipzig, 1881. te izdanje iz 1883. godine. Putzgerov historički školski atlas, priredio Stjepan Srkulj, u Beču, Pichler, 1904. (a imali smo i izdanje 1897. god.), te Historische Schulatlas, E. Hannak i F. Umlauf, Wien, 1908.

Grafička zbirka

U grafičkoj zbirci se sakupljaju, obrađuju, čuvaju i daju na korištenje: plakati, kalendari, razglednice, grafičke mape, katalozi izložbi, fotografije poznatih ličnosti, portreti i ostala neknjižna građa i referensna literatura iz oblasti umjetnosti. U cilju čuvanja i lakše dostupnosti našim korisnicima, u planu je digitalizacija starih razglednica.

U zbirci se nalaze portret Mehmed-bega Kapetanovića Ljubušaka (sarajevskog gradonačelnika i leksikografa), slika u ulju Romana Pertovića, te Safeta Krupića Pejsaž sa Une, grafičke mape sa radovima bosansko-hercegovačkih grafičara i dr. Stare razglednice Sarajeva i kulturno-historijskih spomenika (Austro-Ugaraskog perioda), te ostalih gradova u Bosni i Hercegovini.

Od plakata naročito su vrijedni plakati iz ratnog perioda i plakati koji se odnose na Nacionalnu i univerzitetsku biblioteku Bosne i Hercegovine.

Prema podacima iz 1980. ova zbirka je imala oko 43.593 bibliotečkih jedinica. U ratu '92.-'95. je skoro u potpunosti stradala.